Uma das primeiras referências ao Arquivo Municipal é feita em 1855, pelo Dr. José Avelino da Silva e Matta, na sua obra Anais de Moura, quando ao descrever a casa dos Paços da Câmara se refere ao arquivo como «um cubículo que serve de arquivo e secretaria» (p. 33). Aí se encontrava o Livro Grande do Tombo da Câmara, constituído por algumas dezenas de documentos, compilados da Arca do Cartório da Câmara em finais do século XVI. O Tombo encontra-se hoje no Arquivo Histórico Municipal, e a data do documento mais antigo nele trasladado remonta a 1317.
Mais tarde, em 1942, os senhores José Godinho Cunha, Dr. Marcelino Fialho Gomes e Dr. Fragoso de Lima, solicitaram à Câmara uma estante para instalarem o Arquivo Histórico de Moura (Actas da Comissão Municipal de Arte e Arqueologia, liv.2, f. 3v).
Em 1968, é inaugurada a Biblioteca Municipal e aí são reunidos os documentos mais antigos da Câmara. Ao longo de vários anos o espólio do Arquivo é enriquecido com documentos de outras Instituições do Concelho, fruto da dedicação do Sr. João Francisco da Mouca, primeiro responsável pela Biblioteca Municipal.
Em 1999, a Câmara Municipal de Moura, mostrando-se atenta ao rico património arquivístico que detinha na Biblioteca Municipal, e desejando criar condições de preservação e divulgação deste valioso espólio, assinaria um acordo com o então Instituto dos Arquivos Nacionais/Torre do Tombo, com vista à prestação de apoio técnico e financeiro para a instalação do Arquivo Histórico.
Após candidatura ao Programa de Apoio à Rede de Arquivos Municipais (PARAM), o Arquivo é instalado num edifício doado à Câmara Municipal pelo Dr. Marcelino Fialho Gomes.
Inaugurado em 13 de Janeiro de 2001, está situado na Rua da Carneira n.º 2, em pleno centro histórico de Moura. Equipado com um espaço para atendimento ao público e sala de leitura presencial, possui ainda dois gabinetes técnicos, uma sala para higienização de documentos e cinco salas destinadas a depósitos de documentação. Prevê-se que a breve prazo, as actuais instalações venham a ser ampliadas, com a passagem do serviço de atendimento e consulta para o rés-do-chão do edifício.
O Arquivo Histórico Municipal, embora esteja instalado num espaço autónomo faz parte integrante do restante Arquivo Municipal e custodia um acervo documental extremamente rico, cuja informação está compreendida entre os Séculos XV e XX. Para além da documentação da Administração Municipal, destacam-se entre outros, pela riqueza de informação que possuem, fundos como o da Santa Casa da Misericórdia (1502-1962), o da Administração do Concelho (1836-1940), ou o da Família Lacerda – Visconde de Altas Moras (1454-1969).
Em reunião de Câmara de 16 de Janeiro de 2008, foi decidido atribuir ao Arquivo Histórico o nome de João Francisco da Mouca (1921- 2008), pelo relevante papel desempenhado por este dedicado Bibliotecário Municipal na recolha, preservação e divulgação de muitos dos documentos hoje custodiados pelo Arquivo.